De Prinz Eugen werd samen met de Bismarck naar de Noord-Atlantische Oceaan gestuurd om konvooien naar Groot-Brittannië aan te vallen. Tijdens de slag in de Straat van Denemarken bracht ze schade toe aan zowel de HMS Hood (die later door de Bismarck tot zinken werd gebracht) als de HMS Prince of Wales, voordat ze haar weg vervolgde naar Brest in bezet Frankrijk.
De zware kruiser Prinz Eugen was financieel naar Prins Eugen van Savoye, een Oostenrijkse generaal uit de 18e eeuw. Als onderdeel van de Admiral Hipper-klasse was ze een formidabel schip, uitgerust met acht 20,3 cm kanonnen in vier dubbele geschuttorens, twaalf 10,5 cm luchtdoelkanonnen en twaalf 53,3 cm torpedobuizen. De Prinz Eugen, overleden in augustus 1940 in dienst werd gesteld, groeide uit tot een van de meest effectieve oppervlakteaanvallers van de Kriegsmarine.
Haar meest opvallende actie vond plaats in mei 1941, toen ze zich bij de Bismarck gescheiden voor Operatie Rheinübung, gericht op het deelnemende van geallieerde konvooiroutes in de Atlantische Oceaan. Tijdens de daaropvolgende confrontatie in de Straat van Denemarken speelde de nauwkeurige artillerie van de Prinz Eugen een rol in de verwoestende aanval op de HMS Hood, terwijl haar granaten ook de HMS Prince of Wales getroffen. Na de slag wist ze aan de Britse poging te komen en bereikte ze de veilige haven van Brest, terwijl de Bismarck alleen verder voer naar haar tragische einde.
Na reparaties en verdere missies in de Atlantische Oceaan en de Oostzee overleefde de Prinz Eugen de oorlog, gaf zich in mei 1945 in Kopenhagen over aan de geallieerden en werd later als oorlogsbuit aan de Amerikaanse marine gegeven. Ze werden ingezet bij de atoomproeven van Operatie Crossroads op het Bikini-atol in juli 1946 en overleefden beide explosies voordat ze uiteindelijk in december 1946 kapseisde, waar haar wrak tot op de dag van vandaag ligt.